A Universidade Federal de Rondonópolis dispõe de dois conselhos superiores, o Conselho Superior Universitário e o Conselho de Ensino, Pesquisa e Extensão. Ambos de caráter deliberativo e normativo, são os órgãos estruturais da instituição, atuando no planejamento institucional e no julgamento de decisões administrativas, acadêmicas, patrimoniais, econômicas e financeiras. Todas as pessoas podem fazer parte dos conselhos, respeitados os seguimentos representados e os chamamentos publicados por meio de editais.